Новые методы и систематика: две когдатошние новости

То, чего нет в Сети, не существует?

Интернет становится главным зеркалом человеческой деятельности - от политики до порнографии. Увы, наш физический мир, породивший человеческую цивилизацию с ее хаотичным кипением, отражался до недавнего времени в Сети гораздо слабее. К счастью, прогресс наметился и тут. За базами со сведениями о небесных светилах последовали виртуальные карты всей земной поверхности. На очереди - жители нашей планеты.

Их охватит сетевой проект под названием Encyclopedia of Life. За десять лет и 12,5 млн. долларов (пока) планируется создать грандиозную библиотеку, содержащую описания всех известных видов организмов (1,8 млн., по утверждению «энциклопедистов»). Общедоступная база станет важнейшим источником научного знания, поможет отследить изменения в окружающей среде и пробудить интерес людей к разнообразию жизни.

Создатели новой энциклопедии отмечают, что в нынешнем году исполняется триста лет со дня рождения шведского натуралиста Карла Линнея, заложившего принципы современной систематики. Да, это событие доставило бы Линнею радость. Но некоторые особенности нового проекта могли бы огорчить ученого. Несмотря на горы исписанной бумаги («измагниченных» носителей, прожженных дисков, перекачанных гигабайт), мы так и не поняли, что есть вид. Виды надо располагать не абы как, а системно. Характер этой системы тоже остается спорным. Еще Линней создал две системы растений: искусственную (которой удобно пользоваться) и естественную (отражающую внутреннюю суть). Как строить естественную систему, не ясно до сих пор. Из разных лагерей доносятся победные реляции, но никакая из идей не заслужила (и не заслужит?) общего признания.

Кто и как в новой энциклопедии будет определять, что считать видом, а что нет? В каком порядке эти виды будут систематизироваться и индексироваться? Как будут решаться спорные номенклатурные вопросы? Команда, обеспечивающая работу над энциклопедией, будет состоять из двух-трех дюжин человек, представляющих авторитетные научные учреждения США и Британии. Справятся ли они с задачей, которая оказалась не по плечу тысячам систематиков, специализирующихся на изучении отдельных групп животных и растений, или попросту обойдут острые углы?

Цель новой энциклопедии одновременно величественна и недостижима. Усилиями одной команды отразить процесс работы и заблуждений всего научного сообщества безумно тяжело. Вместить почти бесконечное разнообразие жизни в маломерное пространство видовых списков и таксономических кодексов невозможно. Впрочем, самая правильная реакция на перечисленные проблемы - приняться за их решение, как сделали создатели энциклопедии и их спонсоры. Глаза боятся - руки делают. Несмотря на все сложности, разработчикам Encyclopedia of Life можно только пожелать удачи. Появится еще один, наверняка авторитетный источник информации и видовых списков. То, что он не сможет стать последней инстанцией, не вызывает сомнения, но и не снижает его ценность.

Пока что публике предъявлены образцовые страницы новой энциклопедии, содержащие текст, фотографии, карты и видеоролики, посвященные пяти видам, среди которых белый медведь и рис. К сожалению, страница, посвященная Homo sapiens L., 1758, еще не написана. Подождем.

 

Инфузории, бабочки, киты и штрих-коды

В начале февраля в Лондоне прошла конференция по сбору «штрих-кодов жизни» (Barcode of Life). На ней обсуждалось начало грандиозного биологического проекта, в котором примет участие 50 исследователей из 25 стран. Задача — создание общедоступной базы данных о нуклеотидных последовательностях характерных генов, условно названных «штрих-кодами жизни», для всех организмов на Земле. Планируется, что в результате по любому ДНК-содержащему материалу можно будет опознать, от какого вида он получен, с помощью процедуры стоимостью всего в пару долларов.

Первая очередь проекта предусматривает каталогизацию митохондриального гена цитохром-с-оксидазы птиц (около 10 тысяч видов), рыб (приблизительно 15 тысяч морских и 8 тысяч пресноводных видов), а также растений, произрастающих в Коста-Рике (8 тысяч видов). Итоговая база данных будет опубликована в 2010 году.

Объясняя задачу проекта, авторы говорят, что благодаря «штрих-кодам» не обладающий специальными знаниями человек сможет уверенно опознавать виды. Дело в том, что хотя для большинства групп разработаны определители, их использование — непростая задача. Разные виды отличаются друг от друга по разным признакам, которые, ко всему прочему, нужно уметь считывать1. В одном из старых определителей Британского музея была примерно такая фраза: «Не следует забывать, что результаты определения видов по приведенным здесь таблицам носят ориентировочный характер, и единственным надежным способом является консультация по поводу интересующего вас образца у специалиста по данной группе животных». Представляете, каково в наше время (эпоху стремления к унификации и объективности) мириться с таким ворохом сложностей? Понятно, почему СМИ излагают новость о проекте «штрих-кодов жизни» с явным удовлетворением. Наконец-то мы разберемся в хаосе окружающей нас живности! Как будет удобно, когда каждый вид получит свой «генетический паспорт»! Попробуем все же выяснить, что может, а что не может дать это проект.

Понятие вида кажется очень простым. Когда натуралист выходит на прогулку, он видит, что живая природа состоит из четко очерченных «сортов» существ — остается только найти признаки, по которым их можно отличить друг от друга. И если орнитолог-любитель сориентируется по особенностям оперения или песен, то профессионалу негоже пользоваться чем-то более простым, нежели нуклеотидные последовательности митохондриальных генов.

Кто не может до конца разобраться в том, что такое вид, так это систематики, изучающие виды в пределах их ареалов. Рассмотрим лишь один классический пример. В Западной Европе обитают два заметно отличающихся вида чаек: клуша и серебристая чайка. Однако продвигаясь вокруг северного полюса по берегу Северного Ледовитого океана, мы убедимся, что один из этих видов плавно превращается в другой, то есть полюс опоясывает кольцо подвидов. Между любыми двумя соседними подвидами возможно скрещивание и идет обмен генетическим материалом, а крайние формы четко разграничены. Нет никаких признаков, позволяющих формально решить такую проблему, и «штрих-коды» тут не помогут.

Давно понятно, что эволюция по разным признакам идет неравномерно. Видообразование может быть результатом долгой эволюции с изменением последовательностей разнообразных генов, а может и произойти в короткий срок за счет гибридизации или изменения хромосомных наборов (что весьма характерно, например, для рыб и амфибий). Для насекомых описано возникновение нескрещиваемости (первый шаг к видообразованию) при заражении определенным видом бактерий. Результатом всех таких процессов (и многих других) может быть существование видов-двойников, для распознавания которых необходимы достаточно сложные методы. Это те виды, о которых натуралист на прогулке даже не заподозрит. Увы, для их разграничения изучение гена цитохром-с-оксидазы может оказаться бесполезным. Эти последовательности могут отличаться у представителей одного вида (например, у довольно однородного генетически вида — Homo sapiens — известно несколько их вариантов) и совпадать у разных! Гибридные виды имеют митохондриальные гены, полученные при скрещивании от материнской особи, а изменение хромосомных наборов вообще не затрагивает митохондриальную ДНК. Это не значит, что в случае видов-двойников изучение ДНК не поможет, просто тут нужно подбирать свои характерные признаки.

Ситуация усложняется тем, что разные группы организмов эволюционируют по-своему. Одни образуют хорошо отличающиеся виды, другие «не считают» это обязательным. Известный российский систематик Александр Александрович Любищев говорил, что стремление создать общую для всех живых существ теорию вида равносильно желанию создать снасть, одинаково удобную для ловли инфузорий, бабочек и китов. Не зная толком, что такое виды, научиться их распознавать при помощи одного-единственного инструмента — еще более впечатляющая задача!

Инициаторы проекта говорят, что «штрих-коды жизни» помогут неспециалистам определять виды в поле. Рассмотрим, насколько это реально, на примере «пилотной» для проекта группы — птиц. Нас убеждают, что благодаря «штрих-кодам» неспециалист сможет контролировать видовое разнообразие. Но для этого придется получить содержащий ДНК материал от всех птиц, которые покажутся необычными, а значит, птиц придется каким-то образом добывать (убивать?). Эффективнее ли это, чем использование квалифицированного специалиста, который практически всегда сможет опознать птиц по внешнему виду, а иногда — даже только по голосу? Конечно, сложные случаи встречаются всегда. Вот тогда-то можно и добыть спорный экземпляр и определить его с использованием всех доступных признаков (и даже последовательности цитохром-с-оксидазы). Специалистов мало? Если зайца можно научить играть на барабане, то природоохранника — распознавать птиц, наверное, тоже.

3 февраля в возрасте ста лет скончался один из классиков биологической теории вида, патриарх американской орнитологии Эрнст Майр. Он указывал, что птицы — группа животных, для которых характерны едва ли не самые отчетливые различия между видами. Не пользующиеся биноклями и полевыми определителями туземцы Новой Гвинеи выделяли (и имели для них названия на своем языке) те же виды птиц, что описали (и назвали на языке древних римлян) высокоученые орнитологи!

Кстати, задача охраны природы требует не только распознавания редких видов. Кто окажется способнее решать разнообразные, часто не формализуемые задачи: внимательный наблюдатель-натуралист или специалист по считыванию «штрих-кодов»?

Таким образом, справиться с проблемами, для решения которых он предлагается, проект «штрих-кодов жизни» не сможет. Означает ли это, что его выполнение не имеет смысла? Конечно, нет. Проект представит массу интересной и полезной информации. Ее потребителями будут квалифицированные систематики, удерживающие в кругу своего внимания всю, зачастую противоречивую, совокупность данных об особенностях представителей группы, на изучении которых они специализируются. В любом случае, в ходе выполнения проекта будут собираться не только данные о последовательности одного-единственного гена, но и многие другие, представляющие не меньший интерес.

Оправдано ли такое внимание к проблемам описания видового разнообразия? Конечно. Для автора, как для биолога, это не нуждается в доказательствах. А сомневающимся можно напомнить, что, по Книге Бытие, Адам в райском саду был занят тем, что давал имена видам животных. Как мы можем успокоиться, пока это дело не закончено?

 

1Знаете, какой признак используют для различения всего-навсего трех видов зеленых лягушек? Индекс Таращука: частное от деления произведения квадрата длины голени и длины самого длинного пальца задней ноги на произведение длины дополнительной голени и квадрата длины внутреннего пяточного бугра. Самое интересное, что распределения этой величины у близких видов все-таки несколько перекрываются. Обратно к тексту 

 

Д. Шабанов. То, чего нет в Сети, не существует? // Компьютерра, М., 2007. – № 19 (687)
Д. Шабанов. О любви к простым объяснениям // Компьютерра, М., 2005. – № 8 (580)

Комментарии

Аватар пользователя Гексли

"Итоговая база данных будет опубликована в 2010 году." ©

Аватар пользователя Гексли

Очень даже полезный сайт, с достаточно полной и разносторонней информацией, вплоть до снимков мест обитания видов со спутников. И

Аватар пользователя Гексли

Она какая-то странноватая: описание вида умыкнули с википедии (зачем её дублировать), в разделе эволюция первое же предложение- про наполнение кровью пещеристого тела при эрекции, как функциональной адаптации человека.

Тут еще интереснее. Есть и про Homo sapiens (представлен мужчиной, http://www.eol.org/pages/327955) и про Homo sapiens sapiens (представлен женщиной, http://www.eol.org/pages/4454124). Меня удивило, что описание человека начинается с эрекции, я полез искать... и то ли я не там ищу (в силу половых особенностей не нахожу то, что легко нашла девушка), или там нет про эрекцию члена, а есть про выпрямленное положение тела (erect body carriage). Корень один (тот же самый, кстати, что и в слове "ректор"), а смысл ну очень разный... Но выпрямленное положение тела упомянуто на страничке с женщиной, а описание вида с Википедии взято для мужчины.

Аватар пользователя Гексли

"Hydraulic action creates structural rigidity: human

The penis of humans avoids buckling by hydraulic action of increased blood flow into the corpora cavernosa." ©

Пол не влияет на знание и понимание английского, кому, как не вам, знать.

Нет, влияет-таки пол. Ну почему девушка сразу нашла про всякую там гидравлику, а я нет!
Дорогая Гексли, я за Вас очень рад. Но, ради интереса, киньте ссылку, где Вы это вычитали. В разделе "Эволюция" я нашел много всякого, но не о том.
Помните, у Павича была "женская" и "мужская" редакции его "Хазарского словаря" (высококлассного бреда, от которого я получал истинное удовольствие). Может, на этом сайте есть женская и мужская страницы, не только в том смысле, что на одной - негр, а на другой - белая девушка с обезьянами, а и в том, что открываются на этих страницах читателям разные вещи?

Аватар пользователя Гексли

Павича качаю с торрентов, ибо не помню, но заинтересовало.

Ссылка там одна на всю страницу, без разделов, потому вот принтскрин. Если уж и на этот раз откроется что-то другое...

Молодец. Настоящая девушка должна уметь искать то, что надо!

Аватар пользователя М_Настя

Может, ввиду того, что я девушка, как и Гексли, у меня тоже открылось то, что надо. Как-то это странно, выдавать именно это первым среди функциональных приспособлений. Хм.

А по поводу видов...Как сказал однажды мальчик на турнире: Предкам птиц тогда было не важно, кто они -- рептилии, птицы или еще кто-то. Наверное, им и сейчас не важно, к какому виду их относим мы.

Вообще, наши объекты не очень переживают по поводу успехов или неудач в нашем познании.
Как там у Губермана:

Толпа естествоиспытателей
На тайны жизни пялит взоры,
А жизнь... (дальше что-то не могу вспомнить).

Аватар пользователя М_Настя

А Вы, кстати, не ответили на первый вопрос Гексли.

поискав эту базу в сети. Мне лень. Ссылки на эти баркоды приводятся и в той энциклопедии, где про гидравлику.
Как я и предполагал несколько лет назад, получен полезный и интересный результат, но революции в систематике не произошло. И в описании разнообразия есть множество проблем, выходящих за рамки кругозора молекулярщика, который определяет тождество или различие образцов макромолекул (при всей полезности этой процедуры)